De pronto, aparece en Japón una isteriosa y amenazadora piámide con unos habitantes aún más extraños y francamente hostiles. Yaiba, aconsejado por su nueva amiga Esmeralda, quien le promete su apoyo en todo momento, se introduce en ella para llegar a la cima y detener una espantosa máquina que hundirá Japón bajo el mar. Dentro le esperan enemigos la mar de curiosos y trampas increíbles creadas por unos misteriosos seres que habitan en el subsuelo. El peor trago es descubrir que Esmeralda no es lo que parece... Afortunadamente, la espada invencible de Yaiba entra en escena.